Ngôi chùa Thanh Long được khai sơn vào những thập niên đầu thế kỷ 20. Không biết đã bao nhiêu lần di dời do chiến tranh, nhưng theo Sư cô trụ trì, vào thời kháng chiến chống Pháp (trước năm 1945), ngôi chùa ở trên vùng núi cao phía nam vị trí bây giờ gần Tượng Đài Chiến Thắng Núi Thành, có tên là chùa Thanh Sơn, chùa làm tạm bằng tranh tre, vách lá. Sau đó, chùa được chuyển đến thôn Long Phú và được đổi tên là chùa Thanh Long như bây giờ.
